同じ位置にあるべきパスポイントは、なるべく正確に合わせておくと、編集等がしやすくなります。また、ポイントの位置がずれていることで、フチの線もずれて太く表示されてしまうなどの問題が発生することもあります。明確な意図があってずらしている場合は別ですが、基本的には位置を合わせないことに利点はありません。定期的に確認・調整するとよいでしょう。
「ポイントにスナップ」をオンにしているのであれば、それを利用するのが一番簡単です。
メニューの「オブジェクト→パス→平均」では、「2軸とも」で選択したポイント等を一点に合わせることができます。
また、整列パネルを利用すると、ポイントを集める位置をある程度調整することができます。
図の形など状況に応じて、使いやすい機能を利用しましょう。
ポイントのズレについては、大きめに拡大してチェックするとよいでしょう。メニューの「表示→アウトライン」で、描画方法を変えると、確認がしやすくなります。