Illustratorなどのドローソフトでは線幅やオブジェクトの大きさの数値の単位表示を変えることができます。いろいろな単位がありますが、なるべく標準的なものと使うのがよいでしょう。日本で折り図を描く作業であれば、ポイントかmmが使いやすいと思います。
wikipedia：ポイント
ポイント - Wikipedia
ja.wikipedia.org
線幅：
基本的にはポイントとmmのどちらでも問題はないですが、単位を統一して使うことを徹底しましょう。
文字サイズ：
文字サイズの表記は、多くのアプリケーションではポイントが標準です。特別な理由がなければポイントを使うのがよいでしょう。
変形パネルや属性等：
感覚的に大きさなどがイメージできればなんでもいいのですが、mmが使いやすいと思います。
その他：
数値を入力する際には正しい単位を使うことを徹底するとよいでしょう。例えば表示がmmの状態で1ptの線を描きたい時、「0.353」と入力するのではなく「1pt」と入力します。（単位付きの数値入力は、ある程度機能の揃ったソフトであれば大抵通ります）
具体例としては、Illustratorの表示は小数点以下3桁が表示されていますが、内部データはもっと細かい数字になっています。そのため、「0.353mm」と「1pt」は違う線幅と認識され、「共通の線幅」などの機能が使いにくくなります。
Illustratorのプログラム内部ではポイントが使われているようです。スクリプトなどでの制御などを行うのであれば、線幅などはポイントのほうが少し扱いやすいかもしれません。
