折り図はまとまったパーツごとにグループ化しておいて、編集する時はグループ解除、終わったら再度グループ化しておくと、誤選択などを防ぐなどいろいろと作業しやすい。
例えばウマの図では、頭部、体前面、体背面、尾、前足と後ろ足それぞれ左右でグループ化しています。
こんな感じ。頭部はさらにたてがみなどのパーツごとにグループ化されています。
なお実際の作業の際には、編集するパーツの前面、背面のオブジェクトを、それぞれまとめてグループ化しています。
最終的には1つの図ごとにまとめてグループ化しておくとよいでしょう。
余談ですが、多くのドローソフトには、グループ化の階層の数に限界があります。通常まず問題にはなりませんが、少し気をつけておくと良いかもしれません。